Druhý letopočet na štandarde rovnako ako tabuľka pri bočnom vchode kostola pripomínajú obnovenie cirkevného zboru a postavenie nového chrámu Božieho. Až po tolerančnom patente cisára Jozefa II. z roku 1781 bol v roku 1783 opätovne obnovený cirkevný zbor a v roku 1785 bol posvätený prvý skutočne evanjelický chrám Boží.

Je potrebné spomenúť, že okrem kňazov, ktorí pôsobili v Liptovskom Jáne a šírili reformačné myšlienky, významnú úlohu v udomácnení reformačného hnutia v Liptovskom Jáne i v Liptove zohral rod Svätojánskych i ďalšie šľachtické rody (Kiszely, Detrich, Luby, Pruszinszki). V tomto období totiž platila zásada „Cuius regio eius religio“ – Koho vláda, toho viera. Bol to práve rod Svätojánskych, ktorý v počiatkoch reformácie takmer celý prijal reformáciu. Neskôr sa z neho odčlenili vetvy, ktoré sa vrátili ku katolíckej viere. Tento rod podporoval pôsobenie protestantských kňazov, vydržiaval ich, obraňoval pred útokmi protireformátorov a finančne podporoval fungovanie cirkevného zboru.

Pozemok na stavbu nového kostola daroval zemepán Alexander Szentiványi. Michal Szentivány mladší sa v čase stavania tolerančného chrámu zaviazal, že počas stavby chrámu zatiaľ v jeho dome v kaštieli sa budú slúžiť bohoslužby a poskytne tiež bývanie pre kňaza a učiteľa. Vo svojom vyhlásení píše: „Ja z dobrovolného mého pohnutí odchazejíce s maželkou a dítkami do Trenčína dávam dobrovolne do úplných dvanácti Roků, můj Svatojánsky Dům, Dvůr, pravou polovici humna neb Stodoly s majetkami okolo Domu se nachazejícima, dvoma záhradami a záhradu s dreveným domem. Tak do predepsaných dvanácti Roků, žádnej prekážky nemám činiť, ani nebudem, ani nechcem. Na čo podpisujem a moji urozenou pečatí potvrdzujem a Signujem.“ Ďalší ôsmi páni z rodu Szentivány (Sándor, Gábor, Eleti, Láslo, Calman, Sándor ml., Daniel a Martin) sľubujú a sa písomne zaväzujú, všetko riadne  udržiavať a spravovať a spolu s ľudom vystaviť cirkevné budovy. „Tento písomný Contract  naším podpisom  a pečetí potvrzený vydáme dne 29 marca 1783.“

V tomto čase do cirkevného zboru patria okrem matkocirkvi Liptovský Ján aj obce Závažná Poruba, Beňadiková, Liptovský Ondrej, Konská, Uhorská Ves, Podtureň a Liptovská Porúbka.