Stojíte pod štandardou, na ktorej okrem Lutherovej ruže – symbolu reformácie sú dva letopočty. Rok 1561 pripomína príchod reformačných myšlienok do Liptovského Jána.
Prvá písomná zmienka o tom, že sa v Liptovskom Jáne udomácnili reformačné myšlienky, pochádza zo Zápisnice kanonickej vizitácie, ktorú v roku 1560 vykonal v liptovských zboroch archidiakon Michal Szegedinus. Cieľom bolo zrejme zistiť, nakoľko postúpila reformácia v Liptove. Michal Szegedinus navštívil 28 z 30 cirkevných zborov Liptova. Všíma si výlučne osoby kňazov. O svätojánskom kňazovi napísal toto:
„Kňaz Stanislav, pochádzajúci z Moravy, ordinovaný roku 1551 v Krakove. Vizitátor ho opisuje ako muža s veľkou bradou, ale s nepatrnými vedomosťami, ktorý, plný zlých duchov-démonov, vydával sa za exorcistu a o pátroch-mníchoch osídlených na každý pád v susednom Okoličnom mnoho všeličoho povymýšľal a poroztrusoval, čím chcel zamedziť oddanosť farníkov-parochiánov voči kláštoru dokazovanú odpradávna.
Nedávno, tak je totiž napísané o ňom v tej vizitačnej zápisnici, keď videl, ako sa ľudia pri príležitosti pamiatky posvätenia chrámu v zástupoch hrnú k spomenutým mníchom na odpust, vyšiel na pole orať, aby farníci-parochiáni upustili od započatej cesty a podľa jeho príkladu radšej než božským vecami, venovali sa všedným prácam. Presviedčal ich, že v ten sviatok nebude nijaká slávnosť. Keď však videl, že takým spôsobom nedosiahne úspech, ohliadol sa po inom podvodnom prostriedku. Zbehol rýchlo k rieke Váh a most (boli to iste len tzv. lavice) postavený tam preto, že kláštor bol za vodou, od základu vyvrátil, aby ľud nemohol so suchými nohami prejsť. Ale ani tento podvod nemohol mu v ničom pomôcť. Ľudia totiž vedeli o brode a so zhrnutými a zdvihnutými šatami polonahí sa prebrodili, on však stojac na brehu sťa posadnutý diablom bľabotal papuľnatými pyskami prepodivné a neslýchané nemožnosti proti pápežským odpustkom.“
Kto objektívne uváži náruživý tón jeho opisu sršiaci žhavou nenávisťou a porovná ho s opisom tých kňazov, ktorí zachovali katolícke zmýšľanie a u ktorých vizitátor nenašiel jedinú chybičku, ten nemôže ani na chvíľu pochybovať, že náboženský rozklad katolíckej cirkvi musel v Liptove koncom prvej polovice a v prvom desaťročí druhej polovice 16. storočia veľmi povážlivo pokročiť. Tento kňaz s ďalšími podobne opísanými kňazmi bol už sebavedomým vyznávačom čistého evanjelia.
Evanjelici v tom čase užívali dnešný katolícky kostol. V roku 1687 bol odňatý chrám evanjelikom v Liptovskom Jáne. Evanjelici z Liptovského Jána boli pričlenení do artikulárneho zboru v Paludzi. No pre veľkú vzdialenosť Jána od Paludze všetky cirkevné úkony aj pre evanjelikov vykonával katolícky kňaz.
Dňa 5. mája 1705 zomrel cisár Leopold I., za ktorého toto najhoršie prenasledovanie prebiehalo. František II. Rákoczi zvolal snem do Sečian. Podľa nej bolo evanjelikom v Liptove vrátených 23 chrámov, medzi nimi aj svätojánsky chrám. Tento stav však trval iba do roku 1709, kedy bol tento chrám evanjelikom opätovne, a to už definitívne odňatý. Nastáva dlhé obdobie, kedy evanjelický cirkevný zbor v Liptovskom Jáne neexistoval.